A KS betegek hypergonadotrop hypogonadizmusának a fenotípusbeli hatása többnyire korai felnőttkorban nyilvánul meg és jellemző rá a fokozatos állapotromlás. A hereműködési zavar a spermatogenesist és a tesztoszteron termelést is érinti. A 46,XY kariotípusú férfiakénál magasabb ösztradiol/tesztoszteron arány metabolikus syndromát és számos társuló betegség megjelenését eredményezi. A KS betegeknél a 2. típusú diabetes mellitus nagyobb gyakoriságát leginkább az előnytelen obezitással (nagyobb haskörtérfogat, csökkent izomtömeg), emelkedett LDL-koleszterin-, triglicerid-, leptin- és CRP szinttel és az ezzel együtt jelentkező csökkent inzulin rezisztenciával hozzák összefüggésbe. A KS férfiakban általában magasabb a nőket sújtó betegségek kockázata (csontritkulás, sokízületi gyulladás, lupus erythematosus, Sjögren syndroma), az emlőrák kockázata különösen magas (20–50 százalék) a gynecomastiás tünettel rendelkező KS férfiak körében.