A második leggyakoribb öröklött thrombophilia kockázati tényező a prothrombint kódoló F2 gén (Coagulation Factor II) mutációja, az ún. prothrombin 20210A allél. A pontmutáció, amely egy G>A csere, a prothrombin gén 3’ le nem fordított szakaszában van, közel a poliadenilációs szignál felrakási helyéhez. A prothrombin 20210A allél eredményeképp a génről átíródó mRNS stabilabb lesz, mint a normál allélról átíródó mRNS, aminek következtében több prothrombin fehérje keletkezik róla. Ez aztán kijut a keringésbe, és valószínűleg a nagyobb mennyiségű keringő prothrombin vezet az enyhe thrombosiskészség fokozódásához. A prothrombin 20210A allél magyar prevalenciája 2,7 százalék, ahogy az általa jelentett vénás thromboembolia kockázatnövekedés is (2,7-szeres). Jól demonstrálja a prothrombin 20210A allél habituális vetélést illető kockázati – és nem oki – tényező voltát az a tény, hogy az általa jelentett kockázatnövekedés erre a kórképre is mindössze 2,7-szeres.