A terhesség fiziológiás körülmények között is megváltoztatja a hemosztázist, hiperkoagulabilis állapotot jelent. Elméletileg a thrombophilia jelenléte ezeket a változásokat erősíti fel. A thrombophilia kapcsolata a komplikált terhességgel és preeclampsiával ismert, a placenta thrombosis thrombophiliás nőbetegekben gyakori. A thrombosis pontos pathofiziológiai szerepe a habituális vetélésben nem ismert. A thrombosis károsan érintheti a placenta fejlődését és funkcióját. Magzati oldalról vizsgálva, mivel az anyai vér a placenta intervillosus terein a 10. terhességi héten kezd áramlani, ezért a 10. hetet követő vetélések esetében jobban elfogadott a thrombophilia szerepe. Megjegyzendő azonban, hogy a magzati tápanyag-ellátottság nagymértékben függ a méh keringésétől, ezért az ott bekövetkező thrombusképződés végső soron szerepet játszhat bármilyen terhességi korban bekövetkező vetélés hátterében (így korábban is, mint a 10. terhességi hét). Az ép thrombomodulin-protein C útvonal elengedhetetlen a terhesség fenntartásához; az aktivált – és nem inaktiválódó – alvadási faktorok sejthalált indukálnak a placenta throphoblast sejtjei esetében. Vagyis protein C hiányában a placenta integritása nagymértékben sérül, így a vetélés logikusan magyarázható.