A leggyakoribb öröklött thrombophilia kockázati tényező az F5 gén (Coagulation Factor V), az V-ös véralvadási faktort kódoló gén egy pontmutációja (c.1691G>A, FV Leiden). Normális esetben a természetes antikoaguláns aktivált protein C (APC) három arginin aminosav mellett hasítja és inaktiválja a faktor Va-t (FVa). A FV Leiden mutáció a FV molekula egyik APC általi inaktivációs helyén az 506-os arginin glutaminra változását eredményezi, ami megszünteti az inaktivációs helyet. Következményeként a keringésben lényegesen tovább marad az aktív, prokoaguláns faktor Va. Ez öröklött thrombosiskészséghez vezet. A heterozigóta genotípus 5–10-szeres, míg a homozigóta mutáns genotípus 50–100-szoros kockázatot jelent mélyvénás thrombosis elszenvedésére. Népegészségügyi jelentőségét az adja, hogy a FV Leiden mutáció igen gyakori, heterozigóta állapotának magyar prevalenciája 10 százalék. A FV Leiden mutáció az APC rezisztencia fenotípus genetikai oka. A FV Leiden mutáció az első trimeszteri habituális vetélések kockázatát kétszeresére, míg a késői habituális vetélés kockázatát 7,8-szeresére növeli.