Az utóbbi két évtized során finomodtak a molekuláris genetikai eredmények és értelmezések is az SLI-t illetően. A sokat idézett KE családnál ezt a zavart a hatékonyabbá vált humángenomkutatási technikáknak köszönhetően összekapcsolták a FOXP2 gén sérülésével (Lai et al. 2001). Ez a gén fontos, de meglehetősen konzervatív szabályozó gén, mely által kódolt fehérje más gének bekapcsolódását irányítja, s szerepe a nyelvben is más gének aktiválásával lehetséges (Bishop 2002). A KE családban talált zavarok alapján a szenzációéhes sajtó naivan „nyelvi génnek” nevezte el. A valóságban az igen nagy génben egyetlen helyen van a KE család tagjainál mutáció. Egy évtized munkája során azonban kiderült, mint Venetianer (2011) kiváló összefoglalója is megmutatta, hogy korántsem olyan egyszerű a helyzet, mint eredetileg gondolták. Az SLI elméletének követői ugyanis eredetileg úgy vélték, hogy itt valamiféle nyelvtani specifikus génről lenne szó.