2006-ban a kollégium alapító igazgatója bejelentette, még négy évre vállalja az igazgatói posztot, ezáltal elkezdődött egy igazgatókeresési projekt, ami a tekintélyes rajkos múlttal (DB titkár, FEB-tag, szenior) rendelkező új igazgató 2010-es megválasztásáig tartott. Az alapító igazgató elnökként folytatja a kollégium támogatását, a mai napig mindennapos résztvevője a kollégium életének. A váltást megelőzően gondos előkészítés, viták és kísérleti ülések után hoztuk létre az új Tanácsadó Testületet hat olyan közéleti személyiségből, akiknek érdemi rajkos kapcsolataik voltak, ketten közöttük volt szakkollégisták.

Az évtizedet végigkísérték a kollégium finanszírozásának kérdései. A kormányzati támogatások rendszere többször változott és igen bizonytalan volt. A lobbizáshoz való hozzáállás megosztotta a szakkollégiumi mozgalmat. A kisebb kollégiumok számára a mégoly szerény forrás is létkérdés volt, így sokkal erősebben akartak lobbizni, s több kompromisszumot akartak kötni, mint a nagyok. Ez volt a Soros Alapítványtól jövő támogatások lezárulásának korszaka. Ugyanakkor egy többéves konjunktúra kezdődött 2006-ban azzal, hogy a vállalatok egyetemeknek kutatási célra jelentős összegeket utalhattak innovációs járulékukból. Ez a korábbiakhoz képest relatív pénzbőséget eredményezett, amit nem éltünk fel, hanem létrehoztuk a Rajk Alapot, amely azóta gondos és szakszerű működtetés mellett folyamatosan gyarapodva ma jelentős háttere a kollégium pénzügyi stabilitásának. Az évek során kétszer kellett krízishelyzetben hozzányúlnunk, mindkétszer a lehető leggyorsabban visszapótoltuk a felhasznált összeget.