Két igen jelentős külső tényező következtében ezek az évek a bizonytalanság jegyében teltek. Egyrészt zajlott az egyetemi átalakulások folyamata vagy még inkább annak tervezgetése. Szinte hétről hétre új híreket lehetett hallani arról, melyik egyetemet melyikkel, mikor vonják össze, s ennek milyen következményei várhatók szervezetileg vagy például az egyetem épületeit tekintve. Ami aztán ebből a reformhullámból az évtized végén ténylegesen megvalósult, annak nem volt érdemi hatása a Rajk működésére.

A másik folyamatos fejfájást okozó változás volt, hogy a Soros Alapítvány bejelentette, hogy kivonul – több más terület mellett – a szakkollégiumok finanszírozásából is. Bár mindig gondosan ügyeltünk arra, hogy legyenek más finanszírozási forrásaink is, azért ezekben az években (a kilencvenes évek elejétől kezdve) messze a legnagyobb és legstabilabb finanszírozónk az alapítvány volt. Amikor az évtized végén tényleg megszűnt a tőlük jövő támogatás, ez sok éves nehézségeket okozott. Újjászerveztük a kollégium pénzgyűjtési folyamatát; a „Tarháló team” elnevezésről átálltunk a komolyabb hangzású ATOCS (Adomány- és Támogatásgyűjtő Csapat) névre, de nagyon nehezen indult be az önfinanszírozás. Feléltük a kilencvenes évek elején felhalmozott tartalékainkat, s elkezdtünk nagy hangsúlyt helyezni a voszkos támogatásokra.

A pénzügyi rászorultság fontos, de nem egyetlen oka volt a voszkosok felé fordulásnak. Része volt ez a kollégiumi működés általános professzionalizálódásának, amiből a VOSZK felé az első látványosabb produktum volt az első Voszkos Ki Kicsoda? létrehozása. Akkor még a látóhatáron sem voltak a mai adatvédelmi intézkedések, így az akkor 400 fő körüli voszkos közösség adatait (lakhely, munkahely, elérhetőségek) csaknem teljes körben sikerült begyűjteni – ami az akkor még csecsemőkorát élő internet korában dicséretes eredmény volt.

A Rajk hamar beszállt az informatikai fejlesztésekbe, lett géptermünk, s a belső kommunikáció átalakítása mellett arra is vállalkoztunk, hogy az 1995-ös nyári egyetemet az interneten szervezzük.

A szakkollégiumi mozgalom ugyanakkor talán legnehezebb éveit élte. Az 1995-ös NYATA a kevés résztvevő miatt csaknem, az 1997-es teljesen elmaradt. A mozgalom azonban poraiból éledő főnixként viselkedett, s az ezredfordulóra már ismét érdemben működött.

Végigtekintve az évtized második felének programjait azt látjuk, hogy a szellemi, kulturális élet a szokásosnál is élénkebb volt. Erős programmal (gyakorlatilag havonta) működött a Scampi (a volt szakkollégisták szakmai fóruma), nagy számban jelentek meg nálunk a közélet és – ami korábban szokatlan volt – az üzleti élet prominensei, és igen sok belső rendezvényünk is volt. Beindult a Neumann-díjas sorozat, élményt adó látogatásokkal, sokszínű programmal, az előzetes várakozásoknál is nagyobb sikerrel, az első öt meghívottból két Nobel-díjassal.