Tanulmányai vezető nemzetközi filozófiai folyóiratokban és a filozófia nemzetközi élvonalbeli kutatóit felsoroló szerkesztett kötetekben jelentek meg. Kelemen Jánossal közösen írt Nyelvfilozófia c. könyve a tárgy tanításának alapműve Magyarországon. Tim Crane-nel közösen írt és szerkesztett Metaphysics: A Guide and Anthology c. kötete (Oxford Univ. Press, 2004) a kortárs analitikus metafizika meghatározó körképét adja. Írásai, különösen 2008-as The Subjectʼs Point of View c. könyve (Oxford Univ. Press), a nemzetközi irodalomban megkerülhetetlen hivatkozási pontok a mentális tartalmak külső és belső meghatározásáról folytatott vitában. A kortárs analitikus filozófiában Farkas Katalint az intencionalitást a mentális állapotok fenomenális jellegéből eredeztető iskola jelentős képviselőjeként tartják számon. Vonatkozó tanulmányaiban amellett érvelt, hogy az érzéki tapasztalat eredendő természete nem intencionális, és irányultságát csak a tapasztalat szerkezete és jósolható rendszeressége konstruálja. A CEU filozófia tanszékének alapító tagja, egy ideig tanszékvezetője volt. Fontos szerepet játszott a filozófia szak megteremtésében (amely évek óta a világ legjobb 100 filozófia­programjában szerepel). 9 sikeresen doktorált hallgató témavezetője volt a CEU-n. Meghívott vendégprofesszor volt a stockholmi és a saint louis-i egyetemeken és meghívott vendégkutató a cambridge-i Newnham College-ban, a koppenhágai, canberrai és sydney-i egyetemeken. 2012 óta az Academia Europae tagja.

Munkájában szervesen kapcsolódik a medievisztika és a szláv filológia, ezért a magyar és kelet-európai történelmet a szláv és latin nyelvű forrásai alapján regionális összefüggésekben tudja kutatni. 17 könyve jelent meg, 65 folyóiratcikke itthon, 10 külföldön, 23 könyvet szerkesztett, 104 könyvrészlete jelent meg, munkája konferenciakötetben 17 alkalommal jelent meg. (Kiemelendő a Németországban megjelent 3 kötete, egy moszkvai kiadású bilingvis mű és egy angol nyelvű monográfia.) A tudományos, tudománynépszerűsítő és tudománypolitikai vonatkozású előadásainak száma különösen magas: 1997 óta Magyarországon 103, külföldön 76 előadást tartott. A független hivatkozásainak száma 816, h-indexe 12. A Medieval Chronicle Society (Utrecht) tagja, az MTA Pécsi Területi Bizottságában a Történeti és Filozófiai Szakbizottságnak alelnöke, alelnöke továbbá az MTA Történettudományi Bizottságának és a Magyar–Orosz Történész Vegyesbizottságnak. Grazi és lipcsei központú projektek résztvevője.

Kovács Ilona a hazai látáskutatás és a megismerési folyamatok fejlődési elemzésének nemzetközi sikereket elért kiemelkedő kutatója. Az 1990-es években több mint egy évtizedig az Egyesült Államokban dolgozva feltárta a vizuális alakszerveződés integratív mechanizmusait, és egyben kidolgozta ennek elméleti idegtudományi modelljét a látókéreg kontúrintegrációs folyamatairól. Ebből kiindulva fejlődési vizsgálatokban igazolta, hogy a látás magasabb integrációs folyamatainak fejlődése, szemben a korábbi felfogással, egészen a serdülőkorig tart. A 2000-es évek elején hazatért, s idehaza hozott létre több műhelyt (BME, PPKE) az észlelés és megismerés fejlődésének vizsgálatára. Tipikusan fejlődő és koraszülött csecsemők összehasonlításával kimutatta, hogy a finom mélységlátást lehetővé tevő vizuális integrációban nagy szerepe van a korai tapasztalásnak. Williams-szindrómával élő gyermekek longitudinális fejlődési elemzésével feltárta e zavarnak az agykérgi integráció hiányaiból fakadó perceptuális mechanizmusait. Az alvási mechanizmusok átfogóbb tanulási hatásának elemzésében kimutatta mind a tanulási görbék finom megértésének jelentőségét, mind a szenzomotoros tapasztalat és az alvási minták kapcsolatát. Jelenlegi kutatásai serdülők kognitív és idegrendszeri érését vizsgálják e kritikus korszak döntő lépéseinek és a fejlődési beavatkozás lehetőségeinek megértésében.

Közleményeinek 2700 hivatkozása s 6 végzett PhD-diákja iskolaszervező és tudományos sikerességét mutatják.

Az egyik legszélesebb látókörű művészettörténész (aminek legszembetűnőbb megnyilvánulása, hogy évtizedek óta – publikációkkal is – nyomon követi a világkiállításokat), amire ösztöndíjas tanulmányai, nemzetközi szakmai szervezetekben betöltött tisztségei is képesítik. Széles körű (és sokféle művészetre, korszakra kiterjedő) tudását műemléki szakemberként, épületkutatóként végzett tevékenysége alapozta meg. Műemléki vállalkozás a Lapidarium Hungaricum c. kőemlék-katalógus is, amelynek közreműködője, egy ideig (2004–2007) OTKA-témavezetője volt. Jelenleg a műemlékvédelem történetének, metodikájának legjobb ismerője. A kőemlék-korpuszhoz kapcsolódó személyes munkája a középkori magyarországi síremlékek korpusza, amelyhez a boldogult Engel Pállal és Varga Líviával elkezdett, genealógiai és heraldikai irányú interdiszciplináris kutatás kapcsolódik. E kutatás eredménye a 2010-ben megvédett doktori disszertáció, egy hatalmas elektronikus adatbázis és – egyelőre – hatalmas mennyiségű részpublikáció. A síremlékeknek és velük kapcsolatos történeti kérdéseknek közép-európai tekintélyű specialistája. További – minden esetben interdiszciplináris érdekű kiágazások: a Sárkányrend története, az ún. „vörösmárvány” mint jelentéshordozó a középkori és a reneszánsz művészetben. Az interdiszciplináris vállalkozások közé tartozik a középkori kőanyagok geokémiai azonosításának problémái MTA-intézetközi együttműködések keretében. Munkássága a modern művészettörténet-írás egyik leginkább figyelemre méltó példája.

Radnóti Sándor a művészetfilozófia területén alkotott maradandót. Az 1970-es években könyvet írt Benjaminról, majd a misztika és a líra összefüggéseiről. Ezután egy nagyobb projekt keretében rekonstruálta számos jelentős 20. századi művészettörténész (Riegl, Dvořák, Worringer, Panofsky, Kubler stb.) művészetfilozófiáját. Ezeknek a szerzőknek a magyar publikálása – mint ahogy Benjamin legterjedelmesebb magyar gyűjteménye is – az ő nevéhez fűződik, stíluselméleti kutatásainak eredményeit pedig önálló tanulmányok mellett 1990-ben egy nagy német nyelvű antológiában összegezte. A művészethamisításról szóló filozófiai monográfiája 1995-ben jelent meg magyarul és 1999-ben angolul, s a téma egyik fontos hivatkozási pontjává vált. Ezután a művészetkritika elméletével, illetve múzeumfilozófiával foglalkozott. Az ezredforduló utáni évtized második felében Winckelmannról és a modern művészetfogalom keletkezéséről írt könyvet.

Eddig tizenöt könyve jelent meg. Számos filozófiai művet szerkesztett és válogatott. Jelentős irodalomkritikusi munkássága is. Az ELTE professzoraként ő szervezte meg és vezeti az egyetem esztétikai doktoriskoláját. A rendszerváltás utáni, mára már megszűnt legjelentősebb irodalmi, kritikai és elméleti folyóiratnak, a Holminak volt a szerkesztője.

Munkái közül kiemelkedik az angolul, németül, oroszul és lengyelül is megjelent, Nagy Imréről írott kétkötetes élet- és korrajza (1996, 1999), amellyel az MTA doktora lett. Az elmúlt két évtizedben elsősorban a Kádár-korszakot kutatta, több tanulmánykötetet szerkesztett, illetve elemzést tett közzé. Az egész korszak alapkérdéseit teoretikus igénnyel tárgyaló kötete (Bevezetés a kádárizmusba) 2011-ben jelent meg. Eddig összesen 19 önálló kötete jelent meg (közülük 9 idegen nyelveken külföldi kiadóknál), és 48-at szerkesztett. Több mint 200 tanulmányt és cikket írt. Szerepe az 1945 utáni magyar történelem feltárásában és szakszerű bemutatásában páratlan. Nincs még egy olyan történészünk, aki annyit tett volna az államszocializmus korának megismertetéséért. A műveire kapott független hivatkozások száma: 997. Az MTA II. Osztályának választott doktori képviselője (2007–2012); az MTA Történettudományi Bizottság tagja (1990–1994, 2002–2007, 2017–); a Magyar Felsőoktatási Akkreditációs Bizottság Bölcsészettudományi Bizottság tagja (2012–2018); az Institute for the Investigation of Communist Crimes and the Memory of the Romanian Exile Tudományos Tanácsa tagja (2009–2012); részt vesz a Rubicon, a Századok, a Múltunk és a Journal of Cold War Studies szerkesztőbizottságának munkájában. A Károlyi Mihály-díj (1990), Akadémiai Ifjúsági Díj (1991), Ránki György-díj (1997), Akadémiai Díj (2002), Nagy Imre-érdemrend (2009), Magyar Köztársasági Érdemrend középkeresztje (2009), Széchenyi-díj (2010) kitüntetettje.

E témakörön belül öt monográfiája és közel 100 tanulmánya jelent meg magyar, szlovák, német és angol nyelven. Ezekkel a munkáival nemcsak Szlovákiá­ban, hanem külföldön is témájának elismert szakemberévé vált. Emellett élénk közéleti életet is él. 1997-es megalakítása óta elnöke a Történelemtanárok Társulásának, amely a szlovákiai magyar történelemtanárok egyesülete. Megkapta a Posonium Irodalmi és Művészeti Díjat (2009), az Arany János-díjat (2016) és a Jedlik Ányos-díjat (2018).

A hermeneutikai szemlélet és beállítódás Erdélyben való meghonosításának úttörő személyisége, a kolozsvári BBTE-n újjászervezett magyar nyelvű filozófiai képzés meghatározó egyénisége. Kutatási eredményei közé tartozik a nemzedékváltás hermeneutikai modelljének kidolgozása, a kisebbségi létparadoxon vizsgálata, a kommunikáció és a kultúra hermeneutikájának mint szakterületeknek a megnyitása, egy magyar nyelven írt hermeneutikai szintézis, a filozófiai hermeneutika továbbfejlesztését célzó tanulmányok sorozata. Publikációi között 13 szerzőként jegyzett, valamint 22 szerkesztett kötetet találunk. Tudományos eredményeit szerkesztőbizottsági tagsággal, díjakkal, érdemoklevelekkel ismerték el.