A függetlenség után a könyvvizsgálóval szembeni másik legfőbb követelmény, hogy munkáját mindig szakmai szkepticizmussal, kétkedéssel, a könyvvizsgálati bizonyítékok kritikus értékelésével kell végeznie, mert csak így tudja csökkenteni annak kockázatát, hogy nem ismeri fel egy ügy szokatlan, veszélyes voltát, figyelmen kívül hagyja, bagatellizálja a hibákra utaló jeleket, nem megfelelő eljárásokat alkalmaz, és ezért rossz következtetéseket von le, és téves könyvvizsgálói véleményt bocsát ki. A kétely lehet semleges, amikor a könyvvizsgáló jóhiszeműen abból indul ki, az az előzetes várakozása, előítélete az ügyfél beszámolójával kapcsolatban, hogy az hibáktól mentes, a megszerzett bizonyítékok a valóságot tükrözik, és csak akkor kezd el kételkedni ebben, változtatja meg addigi könyvvizsgálói magatartását, amikor bizonyítékot szerez ennek ellenkezőjéről (az egyik bizonyíték ellentmond a másiknak, vagy olyan információhoz jut, amely megkérdőjelezi a beszerzett dokumentumok megbízhatóságát, esetleg a környezeti feltételek lehetséges csalásra utalnak). Vélelmezett kétely esetén a könyvvizsgáló mindaddig csalást feltételez, ameddig nem szerez elégséges bizonyítékot ennek ellenkezőjére. Ha a könyvvizsgáló előre hibát sejt, akkor hajlamos lesz azokat a könyvvizsgálati bizonyítékokat figyelembe venni, amelyek ezt támasztják alá, és sokkal több könyvvizsgálati bizonyítékra van szüksége ahhoz, hogy az ellenkezőjéről győződjön meg. A könyvvizsgáló szakmai szkepticizmusát jellemvonása, személyisége, erkölcsisége, tudása, szakmai tapasztalata és az ügyfélről korábbi könnyvizsgálatok alatt szerzett tapasztalata befolyásolják. A könyvvizsgálónak a könyvvizsgálatot olyan gondolkodásmóddal kell lefolytatnia, amely felismeri annak lehetőségét, hogy csalásból eredő lényeges hibás állítás állhat fenn, tekintet nélkül a gazdálkodó egységnél szerzett korábbi jó tapasztalatokra, meggyőződésre a vezetés őszinteségét és feddhetetlenségét illetően. Nem szabad megelégednie a kevésbé meggyőző bizonyítékokkal csak azért, mert úgy véli, hogy a vezetés őszinte. Különösen így van ez globális pénzügyi válságok, járványok és háborús szankciók idején, amikor az üzleti kockázatok egyre összetettebbé válnak, így a könyvvizsgálóknak éber szemmel kell figyelniük a megbízójuk csalási kockázatai és megfelelőségi erőfeszítései közötti kapcsolatra, mivel ilyenkor jellemző, hogy a megfelelésre törekvés csökken, a csalás kockázata pedig emelkedik.

Ellentmondás van a könyvvizsgáló titoktartási kötelezettségét illetően a könyvvizsgáló esküje és a büntetőeljárás szabályai között. A hatályos kamarai törvény szerint a kamarai tag könyvvizsgáló, a könyvvizsgáló cég köteles a tevékenysége során tudomására jutott, a jogszabályi kötelezettségen alapuló könyvvizsgálói tevékenység ellátására irányuló megbízással összefüggő minősített adatot, hivatali titkot és üzleti titkot megőrizni (Kkt. 66. § (1) bek.). A könyvvizsgálói titoktartási kötelezettség alól csak az ügyfél és csak írásban adhat felmentést. Ettől a könyvvizsgáló sem polgári, sem közigazgatási, sem büntetőügyben nem tekinthet el. A Legfőbb Ügyészség ugyanakkor azon az állásponton van, hogy törvényes érdek védelmét bűncselekményt megvalósító vagy arra utaló adat nem szolgálhatja, tehát ilyen adat hivatásbéli titkot nem képezhet. Ha tehát a könyvvizsgáló a tudomására jutott titkot felhasználja (arról tanúvallomást tesz, okiratokat mutat be), akkor fegyelmi vétséget követ el, de nem sérti a büntetőeljárás szabályait, ezért a tanúvallomása bizonyítékként felhasználható a büntetőügyben. A könyvvizsgáló az idézésnek köteles eleget tenni, és a nyomozó hatóság előtt tanúvallomás céljából megjelenni, személyes adatait megadni. Ugyanakkor a nyomozó hatóság részére jegyzőkönyvbe foglaltan jeleznie kell, hogy foglalkozásánál fogva titoktartásra köteles, így a könyvvizsgálói titok körébe eső információk tekintetében a tanúvallomást köteles megtagadni.

A közérdeklődésre számot tartó gazdálkodókon (tőzsdei cégeken), a pénzügyi és befektetési szolgáltatókon kívül csak azon vállalkozások esetében kötelező a könyvvizsgálat, ahol a tárgyévet megelőző két üzleti év átlagában az éves nettó árbevétel vagy az átlagosan foglalkoztatottak száma meghalad egy bizonyos értékhatárt. Hazánkban ez 300 millió forint (Európa legtöbb országában 8 millió euró), illetve 50 fő (Sztv. 155. § (2) bek.). Jogosan vetődhet fel a kérdés, hogy az induló vállalkozások, startupcégek vagy a több évig elhúzódó beruházással, kivitelezéssel foglalkozó társaságok miért maradhatnak könyvvizsgálat nélkül, amikor ezen cégek esetében a kockázat mértéke, a hibázások előfordulása, a csalási lehetőségek esélye talán még az átlagosnál is magasabb.

A könyvvizsgálói tevékenységért járó díjak meghatározásának elveire és szempontjaira, valamint a díjtételek alsó határaira vonatkozóan a Magyar Könyvvizsgálói Kamara Szakértői Bizottsága kidolgozott és közreadott egy ajánlást. Ezen iránymutatás kitér a könyvvizsgálati megbízások munkaóra-ráfordításainak a kiszámítására, ad egy összefoglalót a díjtételek meghatározására vonatkozó szempontokról, és tartalmaz egy módszertani segédletet a díjkalkulációhoz, illetve támpontot ad a nemzeti könyvvizsgálati standardokban meghatározott szakmai követelményeknek való megfeleléshez, a minőségi munkavégzéshez, ami hozzájárulhat ahhoz, hogy megszűnjenek a könyvvizsgálói szakma egészének az érdekeit sértő, elfogadhatatlanul alacsony díjakat tartalmazó könyvvizsgálói díjajánlatok, amelyek természetesen nem tekinthetők kötelező érvényűnek a díjazással kapcsolatos megállapodásoknál, hiszen az a versenyszabályok megsértését jelentené.

A lényegesség a könyvvizsgálatban egy szubjektív kategória. Mindig a könyvvizsgáló szakmai megítélésének kérdése, hogy milyen vetítési alapot, bázist és mekkora százalékos mértéket választ, de nem a könyvvizsgálathoz kapcsolódó vélt kockázat határozza meg, hanem a beszámoló felhasználóinak várakozásai is: mi alapján akar dönteni, mi minősül számára lényegesnek, vagyis meg kell próbálni az érdekeltek szemével auditálni. Ezért is érthetetlen, hogy a könyvvizsgálói jelentésben miért nem szabad feltüntetni a könyvvizsgálói lényegesség alapját és mértékét. Így az érdekeltek számára nem is derülhet ki, hogy a könyvvizsgáló becslése mennyire esik egybe saját szempontjaikkal.

Egyes multinacionális cégek váratlan csődje (2001-ben az Enron és 2002-ben a WorldCom, 2008-ban a Lehman Brothers és a Washington Mutual, 2009-ben a General Motors, 2020-ban a Wirecard, 2023-ban a Silicon Valley Bank és a Credit Suisse) azon túl, hogy dollár- és eurómilliárdokba kerültek a befektetőknek, megrendítették a pénzügyi piacok stabilitását, aláásták a pénzügyi kimutatásokba vetett bizalmat, és joggal vetődhetett fel egyesekben a könyvvizsgáló felelősségének a kérdése is. A közvélemény, a társadalom nagy része azonban nincs tisztában a könyvvizsgálat korlátaival, funkciójával és felelősségével, ezért krízisek és botrányok előfordulásakor könnyen fogalmaznak meg a könyvvizsgálattal szemben észszerűtlen elvárásokat, holisztikusnak, plurálisnak és rendszerszintűnek tekintik funkcióját (Füredi-Fülöp, 2014). Pedig a csalás megelőzése, megakadályozása és feltárása, az ezeket szolgáló programok és ellenőrzések tervezése és végrehajtása elsődlegesen a vezetés felelőssége.

A négy nagy könyvvizsgáló cég piaci dominanciája továbbra is magasnak mondható elsősorban a hírnevük, nemzetköziségük és komplex szolgáltatásaik (jogi-adózási-tanácsadási) miatt. A nagy, összetett cégstruktúrájú, több országban működő társaságok könyvvizsgálatát szinte kizárólag a Big4 (EY [Ernst & Young], Deloitte, PwC [PricewaterhouseCoopers], KPMG [Klynveld Peat Marwick Goerdeler]) látja el: a világ 2225 legnagyobb cégének 88%-át, a londoni tőzsdén jegyzett 1025 társaság 80%-át, az EU tőzsdei cégeinek pedig 64%-át (Mack, 2022). Hazánkban a piac nem ennyire lapos, a 108 közérdeklődésre számot tartó céget tizennyolc könyvvizsgáló társaság ellenőrzi. (A négy nagy mellett szerephez jut a BDO [Binder Dijker Otte], a Mazars, a K-E-S Audit Kft., az Unikonto Kft, az Interauditor Tanácsadó Kft. és a Venilia Vellum Kft. is.) A kisebb könyvvizsgáló cégek piaci részesedése számottevően nem változott. Az igazi piaci versenyt megnehezítheti a hitelintézetek hozzáállása is. Egyes brit vállalatok banki szerződései például megkövetelik, hogy ügyfeleik a négy nagy egyikét bízzák meg könyvvizsgálattal. A kisebb auditcégek piacra lépési lehetőségeit az is korlátozza, hogy az új auditmódszerek, technikák erőforrásigénye magas. Nehezíti a piacra lépést az agresszív árképzés, az árengedmények és az arányos felelősségi korlátok hiánya.